Szomatikus tumordiagnosztika panelek
A genetikai tumordiagnosztika egy forradalmian új megközelítés a daganatok azonosításához, megelőzéséhez és kezeléséhez. Paneljeinkkel a legrelevánsabb onkogének és tumorszupresszorok genetikai eltéréseit vizsgáljuk.
Választható szomatikus tumordiagnosztika panelek
BRCA panel (BRCA1, BRCA2 és PALB2 gének)
BRCA1 és BRCA2 gének
A BRCA1 és a BRCA2 fontos tumorszupresszor gének, melyek a DNS törések kijavításában (homológ rekombináció) játszanak fontos szerepet. Mutációik az emlőrák kb. 4-6%, a petefészekrák 10-15%, a prosztatarák 6-8%-ában fordulnak elő, de más tumorokban is jelen lehetnek. A gének több, mint 2000 különböző mutációja ismert, melyek a fehérje funkciójának elvesztését eredményezik.
A poly(ADP)ribóz polimeráz inhibitor (PARPi) kezelés a BRCA1 és BRCA2 mutációk esetében ígéretes terápiás lehetőség. Az ESMO (Európai Klinikai Onkológia Társaság) valamennyi nem-mucinosus petefészekrák, valamint a metasztatizáló prosztatarák eseteiben tumorszöveten végzett BRCA1 és BRCA2 mutációanalízist javasol.
Petefészekrák
A petefészekrák halálozása a legmagasabb a nőgyógyászati tumorok közül. Magyarországon évente 1200-1300 petefészekrák eset fordul elő, nagyjából 700-an veszítik életüket a betegség miatt. Az összes petefészekrák kb. 70%-a magas grádusú serosus carcinoma; ebben a típusban a leggyakoribb a BRCA1 és BRCA2 mutáció jelenléte.
Prosztatarák
A prosztatarák férfiakban a második leggyakoribb rosszindulatú daganat. A hormonterápia-rezisztens prosztatarák várható túlélése csupán 2-4 év. DNS-javító gének mutációja esetében a petefészekrákhoz hasonlóan PARPi kezelés eredményessége várható.
Gének listája (BRCA1, BRCA2 és PALB2 gének):
BRCA panel – (SNP/indel detekció három génben)
BRCA1, BRCA2, PALB2 (teljes kódoló régió)
TP53 génpanel (1 gén)
TP53 génpanel
(SNP/indel detekció a TP53 génben)
A TP53 a legismertebb tumorszuppresszor gén, termékét, a p53 fehérjét a genom őrének is nevezik. A p53 fehérje különböző sejtkárosodásra adott válaszban játszik szerepet, szabályozza többek között a sejtciklust, az apoptózist, a sejtöregedést, a DNS javítást, illetve a metabolizmust.
A malignus betegségek kb. 50%-ban fordul elő eltérés a TP53 génben. A 32,8 kb hosszúságú gén mind a 11 exonjában előfordulhatnak patogén mutációk.
Az iwCLL (Nemzetközi CLL Munkacsoport) valamennyi krónikus lymphocytás leukémiás beteg esetében terápia előtt TP53 mutációanalízist javasol. Akut myeloid leukémia, valamint myelodysplasias neoplázia eseteiben a nemzetközi ajánlások javasolják a TP53 mutáció vizsgálatát.
Krónikus lymphocytás leukémia
A krónikus lymphocytás leukémia (CLL) a leggyakoribb felnőttkori leukémia, genetikailag heterogén betegség. A diagnóziskor a betegek 5-15%-ában mutatható ki TP53 mutáció, terápia-refrakter esetekben ez az arány 40-50% is lehet. CLL esetében a legfontosabb prognosztikus és prediktív genetikai eltérés a TP53 mutáció; kedvezőtlen kórlefolyással, és a kemoimmunoterápia sikertelenségével társul. Az esetek kb. felében szubklonális TP53 mutáció van jelen, melynek klinikai jelentősége számos tanulmány alapján azonos a klonális mutációk jelentőségével, azonban kimutatásuk hagyományos molekuláris módszerekkel nem megbízható; azonosításukhoz megfelelő érzékenységű NGS vizsgálat szükséges.
Akut leukémiák
Az akut myeloid leukémia (AML) és az akut lymphoblastos leukémia (ALL) rossz prognózisú, nagy malignitású, genetikailag heterogén betegség felnőttkorban. TP53 eltérés az akut leukémiák 5-15%-ában fordul elő, kedvezőtlen kórlefolyással társul. Minden AML és ALL esetében javasolt a TP53 mutációanalízis elvégzése.
Myelodysplasias neopláziák
A myelodysplasias neopláziák (MDS) a csontvelői őssejtek betegségei, melyek elégtelen vérképzéshez vezetnek, növelik az akut myeloid leukémia kialakulásának kockázatát. A betegség előfordulása az életkor előrehaladtával nő, 60 év felett 75/100.000 gyakoriságra lehet számítani. A TP53 mutáció kedvezőtlen kórlefolyású MDS-altípust határoz meg, így vizsgálata javasolt MDS diagnózisa esetében.
Gének listája:
TP53 panel– TP53 gén
TP53 (exon2-12)
Myeloid és lymphoid neoplázia panel (114 gén)
Myeloid és lymphoid neoplázia panel
(SNP/indel detekció 114 releváns génben)
Myeloid daganatos betegségek
A myeloid daganatos betegségek a csontvelő rosszindulatú, daganatos betegségei, melyek közé az akut myeloid leukémia, a myelodysplasiás neopláziák és a myeloproliferatív neopláziák tartoznak. Genetikailag heterogén betegségekről van szó, számos prediktív, prognosztikus, valamint diagnosztikus genetikai eltérés ismert a betegségek kapcsán.
Akut myeloid leukémia
Az akut myeloid leukémia rossz prognózisú betegség, az öt éves túlélés csupán 25%. Az esetek több, mint 90%-ában génfúziók, illetve különböző mutációk mutathatók ki, melyek közül számos alapvetően befolyásolja a kórlefolyást, valamint a kezelésre várható terápiás választ. Az akut myeloid leukémiák egy részében öröklött mutációk igazolhatók, melyek azonosítása külön diagnosztikus kategóriát definiál a WHO ajánlás értelmében. Az Európai Leukémia Hálózat 36 gén vizsgálatát javasolja akut myeloid leukémia eseteiben.
Myelodysplasiás és myeloproliferatív nepláziák
A myelodysplasiás és myeloproliferatív neopláziák jellemzően időskori betegségek, melyek csontvelői elégtelenséggel, illetve trombózis rizikóval társulnak, progrediálhatnak akut myeloid leukémiába. Különböző mutációk eltérő rizikóval társulnak, így vizsgálatuk szükséges a megfelelő terápia megtervezésének szempontjából.
Akut lymphoid leukémia
Az akut lymphoid leukémia a leggyakoribb gyermekkori rosszindulatú daganatos betegség, megfelelő kezelésének záloga a precíz genetikai kivizsgálás, hiszen a különböző transzlokációk és mutációk jelentősen eltérő kórlefolyással társulnak.
Gének listája (114 gén):
ABL1, ABL2, AKT1, AKT2, ARID1A, ASMTL, ASMTL, ASXL1, ASXL2, ASXL3, ATRX, BCL11B, BCL2, BCL2A1, BCL2L2, BCL6B, BCL9, BCL9L, BCORL1, BRAF, BTK, C9orf53;CDKN2A, CBL, CCND3, CDKN2A, CDKN2B, CLSTN1;PIK3CD, CNOT3, CREBBP, CRLF2, CTCF, CSF3R, DDX3X, DNM2, DNMT1, DNMT3A, DOT1L, EBF1, EP300, ETV6, EZH2, FBXW7, FLT3, GATA1, GATA3, GNAO1, IDH1, IDH2, IKZF1, IKZF2, IKZF3, IL7R, JAK1, JAK2, JAK3, KDM6A, KIT, KMT2A, KMT2C, KMT2D, KRAS, LEF1, RUNX1, MPL, MSH6, MYC, NCOR1, NF1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NR3C1, NRAS, NT5C2, NTRK3, PAX5, PDGFRA, PHF6, PIK3CD, PIK3R1, PRPS1, PTEN, PTPN11, RB1, RPL10, RPL22, RUNX1, SETD2, SH2B3, SMARCA4, SMARCC2, STAT1, STAT2, STAT3, STAT5A, STAT5B, TBL1XR1, TCF3, TP53, TSC1, TUSC3, TYK2, U2AF1, UBA2, USH2A, USP7, USP9X, VPREB1, WHSC1, WT1, ZEB2, ZFP36L2
Solid tumor panel MSI-vel (40 gén)
Precíziós onkológia
A klinikailag befolyásolható genetikai eltérések kimutatása a precíziós onkológia alapja, amivel a betegek kezelése személyre szabható. A leggyakoribb rosszindulatú daganatos betegségekben, így a tüdőrák, a vastagbélrák, az emlőrák stb. eseteiben számos genetikai eltérés vizsgálata alapvető diagnosztikus feladat. Változó gyakorisággal olyan genetikai eltérések mutathatók ki, melyek kapcsán célzott gyógyszeres terápia áll rendelkezésre.
Mikroszatellita instabilitás
A mikroszatellita instabilitás a tumorsejtek genetikai károsodásának egy gyakori típusa, ami a diagnózistól részben függetlenül előre jelzi az érzékenységet immunellenőrzőpont-gátló kezelés esetében. Ez a fajta genetikai eltérés a leggyakrabban vastagbél- és endometriumrák eseteiben fordul elő, de ritkán a többi daganatban is jelen lehet.
Farmakogenetikai vizsgálat
Bizonyos enzimek veleszületett változatai esetében az onkológiában gyakran használatos kemoterápiás szerek mellékhatásainak súlyossága jelentősen eltér. A panel tartalmazza az irinotecan, illetve a fluorouracil érzékenységet befolyásoló legfontosabb DPYD és UGT1A1 polymorphismusokat is.
Gének listája (40 gén):
SNV/indel: AKT1(exon3-4), ALK(exon21-25), BRAF(exon 11,12,15,18), CTNNB1(exon 3), DDR2(exon 5,8,13-18), EGFR(exon 3,7,12,14,18-22), ERBB2(exon 1-27), ESR1(exon 6,9), FGFR1(exon 5,6,13,15), FGFR2(exon 3,5-9,12-16,18), FGFR3(exon 3,7-15,17), FGFR4(exon 3,6,9,10,12,13,15,16), HRAS(exon 2-4), IDH1(exon 4), IDH2(exon 4), KEAP1(exon 2-6), KIT(exon 9,11,13,14,17,18), KRAS(exon 2-4), MAP2K1(exon 2,3,6), MET(exon 3,9,12,14,15,20,21), NFE2L2(exon 2), NRAS(exon 2-4), NTRK1(exon 14,15), NTRK2(exon 18,19), NTRK3(exon 16,17), PDGFRA(exon 12, 14, 18), PIK3CA(exon 2,3,5,6,8-10,14,21), POLE(exon 3-14,19), PTEN(teljes kódoló régió), RB1(exon 1-27), RET(exon 5,6,8,10,11,13-16), ROS1(exon 36-38, 40,41), STK11(exon 1-9), TP53(exon 2-11)
CNV: CDK4, ERBB2, MET, MYC, NKX2-1,
Fúzió: ALK, FGFR1, FGFR2, FGFR3, METex14 skipping, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, RET, ROS1
Bővített solid tumor panel MSI nélkül (161 gén)
Precíziós onkológia
A klinikailag befolyásolható genetikai eltérések kimutatása a precíziós onkológia alapja, amivel a betegek kezelése személyre szabható. A leggyakoribb rosszindulatú daganatos betegségekben, így a tüdőrák, a vastagbélrák, az emlőrák stb. eseteiben számos genetikai eltérés vizsgálata alapvető diagnosztikus feladat. Változó gyakorisággal olyan genetikai eltérések mutathatók ki, melyek kapcsán célzott gyógyszeres terápia áll rendelkezésre.
Homológ rekombinációs hibajavítás génjei
A rosszindulatú daganatos betegségekben gyakran fordulnak elő a biológiai viselkedést alapvetően meghatározó, úgynevezett driver mutációk, melyek vizsgálata alapvető fontosságú az onkológiai diagnosztika során. Bizonyos genetikai eltérések ritkán, többféle daganatban is előfordulhatnak, de terápiás érzékenységet jeleznek előre bizonyos kezelések irányában. Ilyen eltérések például a homológ rekombinációs hibajavításban (HRR) résztvevő gének funkcióvesztő mutációi; a legfontosabb érintett gének a következők: BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, ATR, FANCA, MLH1, MRE11A, NBN, RAD51C, CDK12.
Génfúziók
Strukturális kromoszómális abnormalitások révén gének fúziója valósulhat meg, ami gyakori genetikai eltérés a rosszindulatú daganatos betegségekben. Ezek során az érintett gének funkciója jelentősen módosulhat, gyógyszeresen befolyásolható genetikai célpont jelenhet meg a sejtekben. A génfúziók bővített vizsgálata számos tumortípus esetén javasolható.
Gének listája (161 gén):
SNV, hotspot: AKT1 AKT2 AKT3 ALK AR ARAF AXL BRAF BTK CBL CCND1 CDK4 CDK6 CHEK2 CSF1R CTNNB1 DDR2 EGFR ERBB2 ERBB3 ERBB4 ERCC2 ESR1 EZH2 FGFR1 FGFR2 FGFR3 FGFR4 FLT3 FOXL2 GATA2 GNA11 GNAQ GNAS H3F3A HIST1H3B HNF1A HRAS IDH1 IDH2 JAK1 JAK2 JAK3 KDR KIT KNSTRN KRAS MAGOH MAP2K1 MAP2K2 MAP2K4 MAPK1 MAX MDM4 MED12 MET MTOR MYC MYCN MYD88 NFE2L2 NRAS NTRK1 NTRK2 NTRK3 PDGFRA PDGFRB PIK3CB PIK3CA PPP2R1A PTPN11 RAC1 RAF1 RET RHEB RHOA ROS1 SF3B1 SMAD4 SMO SPOP SRC STAT3 TERT TOP1 U2AF1 XPO1
SNV, teljes gén: ARID1A ATM ATR ATRX BAP1 BRCA1 BRCA2 CDK12 CDKN1B CDKN2A CDKN2B CHEK1 CREBBP FANCA FANCD2 FANCI FBXW7 MLH1 MRE11 MSH6 MSH2 NBN NF1 NF2 NOTCH1 NOTCH2 NOTCH3 PALB2 PIK3R1 PMS2 POLE PTCH1 PTEN RAD50 RAD51 RAD51B RAD51C RAD51D RNF43 RB1 SETD2 SLX4 SMARCA4 SMARCB1 STK11 TP53 TSC1 TSC2
CNV: AKT1 AKT2 AKT3 ALK AXL AR BRAF CCND1 CCND2 CCND3 CCNE1 CDK2 CDK4 CDK6 EGFR ERBB2 ESR1 FGF19 FGF3 FGFR1 FGFR2 FGFR3 FGFR4 FLT3 IGF1R KIT KRAS MDM2 MDM4 MET MYC MYCL MYCN NTRK1 NTRK2 NTRK3 PDGFRA PDGFRB PIK3CB PIK3CA PPARG RICTOR TERT
Fúzió: AKT2 ALK AR AXL BRCA1 BRCA2 BRAF CDKN2A EGFR ERBB2 ERBB4 ERG ESR1 ETV1 ETV4 ETV5 FGFR1 FGFR2 FGFR3 FGR FLT3 JAK2 KRAS MDM4 MET MYB MYBL1 NF1 NOTCH1 NOTCH4 NRG1 NTRK1 NTRK2 NTRK3 NUTM1 PDGFRA PDGFRB PIK3CA PRKACA PRKACB PTEN PPARG RAD51B RAF1 RB1 RELA RET ROS1 RSPO2 RSPO3 TERT
Liquid solid tumor panel (110 gén)
Precíziós onkológia
A klinikailag befolyásolható genetikai eltérések kimutatása a precíziós onkológia alapja, amivel a betegek kezelése személyre szabható. A leggyakoribb rosszindulatú daganatos betegségekben, így a tüdőrák, a vastagbélrák, az emlőrák stb. eseteiben számos genetikai eltérés vizsgálata alapvető diagnosztikus feladat. Változó gyakorisággal olyan genetikai eltérések mutathatók ki, melyek kapcsán célzott gyógyszeres terápia áll rendelkezésre.
Liquid biopszia
Számos esetben nem lehetséges megfelelő mennyiségű és minőségű tumorszövetet nyerni részletes genetikai vizsgálat céljából. Ilyenkor testüregi folyadékból, vagy vérből lehet keringő, sejtmentes DNS-t gyűjteni, és azon végezni a vizsgálatot, hiszen a metasztatizáló rosszindulatú daganatos betegségek esetében a tumorsejtek szétesése kapcsán a keringő, sejtmentes DNS jelentős hányada a tumorsejtek genomját reprezentálja.
Farmakogenetikai vizsgálat
Bizonyos enzimek veleszületett változatai esetében az onkológiában gyakran használatos kemoterápiás szerek mellékhatásainak súlyossága jelentősen eltér. A panel számos, onkológiai vonatkozású gén polymorphismusát vizsgálja (pl. DPYD, UGT1A1, XRCC1, ERCC1? MTHFR stb.).
Gének listája (110 gén):
SNV/indel: AKT1, AKT2, AKT3, ALK, APC, AR, ARAF, ARID1A, ATM, ATR, AURKA, BAP1, BCL2L11, BRAF, BRCA1, BRCA2, CCND1, CCNE1, CD274, CDK12, CDK4, CDK6, CDKN2A, CDKN2B, CREBBP, CTNNB1, DDR2, EGFR, EIF1AX, EPAS1, EPCAM, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, ETS2, FANCA, FBXW7, FGF19, FGF3, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLCN, FLT3, GNAS, HIF1A, HRAS, IDH1, IDH2, IGF1R, JAK1, JAK2, JAK3, KDM5C, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MAPK1, MET, MLH1, MRE11, MSH2, MSH6, MTOR, MYC, NF1, NF2, NOTCH1, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PALB2, PAX8, PDCD1, PDGFRA, PGR, PIK3CA, PIK3R1, PMS2, POLD1, POLE, PSMD4, PTCH1, PTEN, RAF1, RASA1, RASAL1, RB1, RET, RICTOR, RIT1, ROS1, RSF1, SF3B1, SMAD4, SMARCA4, SMO, STK11, TERT TOP2A, TP53, TSC1, TSC2, TSHR, VHL
Fúzió: ALK, BRAF, FGFR2, FGFR3. NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PAX8, RET, ROS1
SNP: ABCB1, C8orf34, CDA, CYP19A1, CYP2D6, DPYD, DYNC2H1, ERCC1, GSTP1, MTHFR, MTRR, SEMA3C, SLC8A3, SOD1, TP53, UGT1A1, UMP3, XPC, XRCC1
Kiterjesztett solid tumor panel (523 gén)
Precíziós onkológia
A klinikailag befolyásolható genetikai eltérések kimutatása a precíziós onkológia alapja, amivel a betegek kezelése személyre szabható. A leggyakoribb rosszindulatú daganatos betegségekben, így a tüdőrák, a vastagbélrák, az emlőrák stb. eseteiben számos genetikai eltérés vizsgálata alapvető diagnosztikus feladat. Változó gyakorisággal olyan genetikai eltérések mutathatók ki, melyek kapcsán célzott gyógyszeres terápia áll rendelkezésre.
Tumor mutációs terhelés
A tumor mutációs terhelés (TMB) a genetikai instabilitásnak egy fokmérője, ami megmutatja, hogy a tumorsejtek genomjában arányosan mennyi mutáció található. Ez a genetikai paraméter az immunellenőrzőpont-gátló kezelések irányában érzékenységet jósol; magas TMB esetében diagnózistól részben függetlenül szóba jöhet az immunterápia. A TMB meghatározásához a genom nagyobb részletét kell megvizsgálni, mint amit a kicsi és közepes méretű célzott panelek lehetővé tesznek.
Gének listája (523 gén):
SNV/indel: ABL1, ABL2, ACVR1, ACVR1B, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX12B, ANKRD11, ANKRD26, APC, AR, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BTG1, BTK, C11orf30, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD274, CD276, CD74, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUX1, CXCR4, CYLD, DAXX, DCUN1D1, DDR2, DDX41, DHX15, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, E2F3, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, EML4, EP300, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZH2, FAM123B, FAM175A, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAT1, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HGF, HIST1H1C, HIST1H2BD, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3A, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HNF1A, HNRNPK, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INSR, IRF2, IRF4, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LMO1, LRP1B, LYN, LZTR1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K4, MAPK1, MAPK3, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MITF, MLH1, MLL, MLLT3, MPL, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MST1, MST1R, MTOR, MUTYH, MYB, MYC, MYCL1, MYCN, MYD88, MYOD1, NAB2, NBN, NCOA3, NCOR1, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, NUTM1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, PPARG, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRD, PTPRS, PTPRT, QKI, RAB35, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, RYBP, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SH2D1A, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG1, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STK11, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF7L2, TERC, TERT, TET1, TET2, TFE3, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TOP2A, TP53, TP63, TRAF2, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, U2AF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WISP3, WT1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, ZBTB2, ZBTB7A, ZFHX3, ZNF217, ZNF703, ZRSR2
CNV: AKT2, ALK, AR, ATM, BRAF, BRCA1, BRCA2, CCND1, CCND3, CCNE1, CDK4, CDK6, CHEK1, CHEK2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERCC1, ERCC2, ESR1, FGF1, FGF10, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, JAK2, KIT, KRAS, LAMP1, MDM2, MDM4, MET, MYC, MYCL1, MYCN, NRAS, NRG1, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PIK3CB, PTEN, RAF1, RET, RICTOR, RPS6KB1, TFRC
Fúzió: ABL1, AKT3, ALK, AR, AXL, BCL2, BRAF, BRCA1, BRCA2, CDK4, CSF1R, EGFR, EML4, ERBB2, ERG, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLI1, FLT1, FLT3, JAK2, KDR, KIF5B, KIT, MET, MLL, MLLT3, MSH2, MYC, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PAX3, PAX7, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PPARG, RAF1, RET, ROS1, RPS6KB1, TMPRSS2
Kiterjesztett solid tumor panel liquid biopszia esetén
(523 gén)
(523 gén)
Precíziós onkológia
A klinikailag befolyásolható genetikai eltérések kimutatása a precíziós onkológia alapja, amivel a betegek kezelése személyre szabható. A leggyakoribb rosszindulatú daganatos betegségekben, így a tüdőrák, a vastagbélrák, az emlőrák stb. eseteiben számos genetikai eltérés vizsgálata alapvető diagnosztikus feladat. Változó gyakorisággal olyan genetikai eltérések mutathatók ki, melyek kapcsán célzott gyógyszeres terápia áll rendelkezésre.
Liquid biopszia
Számos esetben nem lehetséges megfelelő mennyiségű és minőségű tumorszövetet nyerni részletes genetikai vizsgálat céljából. Ilyenkor testüregi folyadékból, vagy vérből lehet keringő, sejtmentes DNS-t gyűjteni, és azon végezni a vizsgálatot, hiszen a metasztatizáló rosszindulatú daganatos betegségek esetében a tumorsejtek szétesése kapcsán a keringő, sejtmentes DNS jelentős hányada a tumorsejtek genomját reprezentálja.
Tumor mutációs terhelés
A tumor mutációs terhelés (TMB) a genetikai instabilitásnak egy fokmérője, ami megmutatja, hogy a tumorsejtek genomjában arányosan mennyi mutáció található. Ez a genetikai paraméter az immunellenőrzőpont-gátló kezelések irányában érzékenységet jósol; magas TMB esetében diagnózistól részben függetlenül szóba jöhet az immunterápia. A TMB meghatározásához a genom nagyobb részletét kell megvizsgálni, mint amit a kicsi és közepes méretű célzott panelek lehetővé tesznek.
Gének listája (523 gén):
SNV/indel: ABL1, ABL2, ACVR1, ACVR1B, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX12B, ANKRD11, ANKRD26, APC, AR, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BBC3, BCL10, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BTG1, BTK, C11orf30, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD274, CD276, CD74, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CENPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CSNK1A1, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUX1, CXCR4, CYLD, DAXX, DCUN1D1, DDR2, DDX41, DHX15, DICER1, DIS3, DNAJB1, DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, DOT1L, E2F3, EED, EGFL7, EGFR, EIF1AX, EIF4A2, EIF4E, EML4, EP300, EPCAM, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZH2, FAM123B, FAM175A, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FAS, FAT1, FBXW7, FGF1, FGF10, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, FLI1, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXP1, FRS2, FUBP1, FYN, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GEN1, GID4, GLI1, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GPR124, GPS2, GREM1, GRIN2A, GRM3, GSK3B, H3F3A, H3F3B, H3F3C, HGF, HIST1H1C, HIST1H2BD, HIST1H3A, HIST1H3B, HIST1H3C, HIST1H3D, HIST1H3E, HIST1H3F, HIST1H3G, HIST1H3H, HIST1H3I, HIST1H3J, HIST2H3A, HIST2H3C, HIST2H3D, HIST3H3, HNF1A, HNRNPK, HOXB13, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, ICOSLG, ID3, IDH1, IDH2, IFNGR1, IGF1, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL10, IL7R, INHA, INHBA, INPP4A, INPP4B, INSR, IRF2, IRF4, IRS1, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIF5B, KIT, KLF4, KLHL6, KRAS, LAMP1, LATS1, LATS2, LMO1, LRP1B, LYN, LZTR1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAP3K14, MAP3K4, MAPK1, MAPK3, MAX, MCL1, MDC1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MITF, MLH1, MLL, MLLT3, MPL, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MST1, MST1R, MTOR, MUTYH, MYB, MYC, MYCL1, MYCN, MYD88, MYOD1, NAB2, NBN, NCOA3, NCOR1, NEGR1, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NKX3-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NPM1, NRAS, NRG1, NSD1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, NUTM1, PAK1, PAK3, PAK7, PALB2, PARK2, PARP1, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PDPK1, PGR, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3C3, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIK3R3, PIM1, PLCG2, PLK2, PMAIP1, PMS1, PMS2, PNRC1, POLD1, POLE, PPARG, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRSS8, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRD, PTPRS, PTPRT, QKI, RAB35, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RANBP2, RARA, RASA1, RB1, RBM10, RECQL4, REL, RET, RFWD2, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF43, ROS1, RPS6KA4, RPS6KB1, RPS6KB2, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, RYBP, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SH2D1A, SHQ1, SLIT2, SLX4, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCD1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX17, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRSF2, STAG1, STAG2, STAT3, STAT4, STAT5A, STAT5B, STK11, STK40, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TBX3, TCEB1, TCF3, TCF7L2, TERC, TERT, TET1, TET2, TFE3, TFRC, TGFBR1, TGFBR2, TMEM127, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TOP2A, TP53, TP63, TRAF2, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, U2AF1, VEGFA, VHL, VTCN1, WISP3, WT1, XIAP, XPO1, XRCC2, YAP1, YES1, ZBTB2, ZBTB7A, ZFHX3, ZNF217, ZNF703, ZRSR2
CNV: AKT2, ALK, AR, ATM, BRAF, BRCA1, BRCA2, CCND1, CCND3, CCNE1, CDK4, CDK6, CHEK1, CHEK2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERCC1, ERCC2, ESR1, FGF1, FGF10, FGF14, FGF19, FGF2, FGF23, FGF3, FGF4, FGF5, FGF6, FGF7, FGF8, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, JAK2, KIT, KRAS, LAMP1, MDM2, MDM4, MET, MYC, MYCL1, MYCN, NRAS, NRG1, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PIK3CB, PTEN, RAF1, RET, RICTOR, RPS6KB1, TFRC
Fúzió: ABL1, AKT3, ALK, AR, AXL, BCL2, BRAF, BRCA1, BRCA2, CDK4, CSF1R, EGFR, EML4, ERBB2, ERG, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLI1, FLT1, FLT3, JAK2, KDR, KIF5B, KIT, MET, MLL, MLLT3, MSH2, MYC, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PAX3, PAX7, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PPARG, RAF1, RET, ROS1, RPS6KB1, TMPRSS2
Fúziós panel (507 gén)
Génfúziók
Strukturális kromoszómális abnormalitások révén gének fúziója valósulhat meg, ami gyakori genetikai eltérés a rosszindulatú daganatos betegségekben. Ezek során az érintett gének funkciója jelentősen módosulhat, gyógyszeresen befolyásolható genetikai célpont jelenhet meg a sejtekben. A génfúziók bővített vizsgálata számos tumortípus esetén javasolható.
Sarcomák
A sarcomák a csont-, a porcszövetek és a lágyrészek rosszindulatú daganatos betegségei. A sarcomák ritka, genetikailag és biológiailag rendkívül sokszínű betegségek, melyek megfelelő diagnózisában különböző génfúziók kimutatásának óriási a jelentősége.
Akut leukémiák
Az akut myeloid és lymphoid leukémiák eseteiben gyakoriak a kromoszóma transzlokációk, illetve egyéb strukturális eltérések, melyek következtében génfúziók jönnek létre. Ezek kimutatása a megfelelő diagnózis nélkülözhetetlen eleme, egyes génfúziók azonosítása célzott terápiát tesz lehetőve.
Gének listája (507 gén):
ABI1, ABL1, ABL2, ACACA, ACE, ACER1, ACKR3, ACSL6, ADD3, AFF1, AFF3, AFF4, AGR3, AHI1, AHRR, ALK, ANKRD28, AR, ARHGAP20, ARHGAP26, ARNT, ASPSCR1, ASTN2, ATF1, ATIC, ATP1B4, AUTS2, BACH2, BAG4, BAIAP2L1, BAZ2A, BCAS3, BCAS4, BCL10, BCL11A, BCL11B, BCL2, BCL2L1, BCL3, BCL6, BCL9, BCOR, BCR, BDNF, BICC1, BIRC3, BIRC6, BRAF, BRD1, BRD3, BRD4, BRWD3, BTBD18, BTG1, C11orf1, C11orf95, C2CD2L, C3orf27, CAMTA1, CAPRIN1, CARS, CASC5, CASP7, CBFA2T3, CBFB, CBL, CCAR2, CCDC28A, CCDC6, CCDC88C, CCNB1IP1, CCNB3, CCND1, CCND2, CCND3, CD74, CDH11, CDK5RAP2, CDK6, CDX1, CDX2, CEBPA, CEBPB, CEBPD, CEBPE, CEP170B, CEP85L, CHD6, CHIC2, CHMP2B, CHST11, CIC, CIITA, CLP1, CLTC, CLTCL1, CMKLR1, CNBP, CNOT2, CNTRL, COG5, COL1A1, COL1A2, COL6A3, COX6C, CPSF6, CRADD, CREB1, CREB3L1, CREB3L2, CREBBP, CRLF2, CRTC1, CSF1, CSF1R, CTDSP2, CTNNB1, CUX1, DAB2IP, DACH1, DACH2, DDIT3, DDX10, DDX20, DEK, DMRT1, DNAJB1, DPM1, DUSP22, DUX4, EBF1, EEFSEC, EGFR, EGR1, EGR2, EGR3, EGR4, EIF4A2, ELF4, ELK4, ELL, ELN, EML1, EML4, EP300, EP400, EPC1, EPOR, EPS15, ERBB3, ERC1, ERCC1, ERG, ERLIN2, ESR1, ETS1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZR, FAM19A2, FCGR2B, FCRL4, FEN1, FEV, FGF8, FGFR1, FGFR1OP, FGFR1OP2, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FHIT, FIP1L1, FLI1, FLNA, FLT3, FLT3LG, FNBP1, FOSB, FOSL1, FOXO1, FOXO4, FOXP1, FRK, FRYL, FUS, GAS5, GAS7, GATA1, GIT2, GLI1, GOSR1, GOT1, GPR128, GPR34, GRHPR, GRID1, GTF2I, H2AFX, HAS2, HEY1, HHEX, HIP1, HIPK1, HIST1H4I, HLF, HMGA2, HNF1A, HOXA10, HOXA11, HOXA13, HOXA9, HOXC11, HOXC13, HOXD11, HOXD13, HSP90AA1, ID4, IKZF1, IL2, IL21R, IL3, INPP5D, IQCG, IRF2BP2, IRF4, IRS4, ITK, JAK1, JAK2, JAZF1, KANK1, KAT6A, KAT6B, KDM5A, KIAA1524, KIF5B, KMT2A, KPNB1, KSR1, LASP1, LCK, LCP1, LGR5, LHFP, LHX2, LHX4, LINC00598, LINC00982, LMBRD1, LMO1, LMO2, LNP1, LPP, LPXN, LRMP, LRRC37B, LTBP1, LYL1, MACROD1, MAF, MAFB, MALT1, MAML2, MAPRE1, MBNL1, MBTD1, MDS2, MEAF6, MECOM, MGEA5, MKL1, MKL2, MLF1, MLLT1, MLLT10, MLLT11, MLLT3, MLLT4, MLLT6, MN1, MNX1, MSI2, MSN, MUC1, MUTYH, MYB, MYBL1, MYC, MYH11, MYH9, MYO18A, MYO1F, NAB2, NAPA, NBEAP1, NBR1, NCOA1, NCOA2, NCOA3, NDE1, NF1, NFATC2, NFIB, NGF, NGFR, NIN, NIPBL, NKX2-5, NONO, NOTCH1, NPM1, NR4A3, NR6A1, NSD1, NT5C2, NTF3, NTF4, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUMA1, NUP107, NUP214, NUP98, NUTM1, NUTM2A, NUTM2B, OFD1, OLIG2, OLR1, OMD, P2RY8, PAPPA, PATZ1, PAX3, PAX5, PAX7, PAX8, PBX1, PCM1, PDE4DIP, PDGFB, PDGFRA, PDGFRB, PER1, PHF1, PHF23, PICALM, PIM1, PLAG1, PML, POM121, POU2AF1, POU5F1, PPAP2B, PPARG, PPARGC1A, PPFIBP1, PPP2R1B, PRCC, PRDM16, PRKACA, PRKAR1A, PRKG2, PRRX2, PSIP1, PSMD2, PTPRR, PVT1, RABEP1, RAD51B, RAF1, RANBP2, RAP1GDS1, RARA, RBM15, RBM6, RCOR1, RCSD1, RET, RHOH, RNF213, ROS1, RPL22, RPN1, RREB1, RRM1, RTEL1, RUNX1, RUNX1T1, SARNP, SEC31A, SEPT2, SEPT5, SEPT6, SEPT9, SERPINE1, SERPINF1, SET, SETBP1, SFPQ, SH3D19, SH3GL1, SIK3, SLC34A2, SLC45A3, SLCO1B3, SMAP1, SMARCA5, SMARCB1, SNHG5, SORBS2, SORT1, SP3, SPECC1, SPTBN1, SQSTM1, SRF, SRSF3, SS18, SS18L1, SSBP2, SSX1, SSX2, SSX4, ST6GAL1, STAT5B, STAT6, STRN, SUGP2, SUZ12, SYK, TACC1, TACC2, TACC3, TAF15, TAL1, TAL2, TAOK1, TBX15, TCF12, TCF3, TCL1A, TCTA, TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4, TEC, TENM1, TET1, TFE3, TFG, TFPT, TFRC, TGFBR3, THADA, THRAP3, TIRAP, TLX1, TLX3, TMPRSS2, TNFRSF17, TOP1, TOP2B, TP53BP1, TPM3, TPM4, TRHDE, TRIM24, TRIP11, TRPS1, USP16, USP42, USP6, VGLL3, WASF2, WDR18, WDR70, WHSC1, WHSC1L1, WSB1, WT1, WWTR1, XIAP, YAP1, YTHDF2, YWHAE, ZBTB16, ZC3H7A, ZC3H7B, ZFP64, ZFPM2, ZFYVE19, ZMIZ1, ZMYM2, ZMYND11, ZNF207, ZNF384, ZNF444, ZNF521, ZNF585B, ZNF687, ZNF703, ZRSR2
Metilációs profil
DNS metiláció
A DNS metilációja egy fontos epigenetikai szabályozó jel, ami befolyásolja egyes gének aktivitását; a megfelelő szakaszok metilációja kikapcsolja az adott gén kifejeződését.
A DNS-metiláció a DNS megkettőződése során megtartott kódnak felel meg, ami jellemző mintázatokat hoz létre a különböző tumorok esetében. A DNS-mintázat genomszintű, átfogó vizsgálatával kép nyerhető erről az epigenetikai kódról, ami számos esetben már nélkülözhetetlen segítséget nyújt a precíz diagnosztikában. Bizonyos daganatok esetében a metilációs mintázat jelentős prognosztikus információt hordoz, ami a terápia megtervezésében segíthet.
Központi idegrendszeri tumorok
Az agy daganatos betegségei biológiai, patológiai és genetikai szempontból egyaránt rendkívül sokfélék. A szövettani diagnózist sokszor jelentősen nehezíti a kis méretű minta. Számos agydaganat esetében a szövettani jellegzetességek alapján nem lehet biztonsággal különbséget tenni különböző diagnózisok között. Ilyenkor a genetikai eltérések, illetve a DNS-metiláció mintázatának vizsgálata elengedhetetlen.
Sarcomák
A sarcomák a csont-, a porcszövetek és a lágyrészek rosszindulatú daganatos betegségei. Ezen rendkívül sokféle betegségek diagnosztikájában nem csak a genetikai eltérések kimutatása, de a DNS-metiláció mintázatának átfogó elemzése is hasznos segítséget nyújt.
Gének listája:
A vizsgálat során MethylationEPIC v2.0 BeadChip (Illumina) microarray kerül felhasználásra, melynek során több, mint 900.000 biológiailag releváns CpG hely metilációjáról gyűjtünk kvantitatív adatot.
HRD panel (BRCA1, BRCA2 gének és 24 000 SNP)
Homológ rekombinációs hibajavítás defektusa
A homológ rekombinációs hibajavítás defektusa (HRD) többnyire különböző DNS hibajavító gének funkcióvesztő mutációi következtében jön létre, és jellegzetes mintázatú genetikai instabilitást okoz. A leggyakrabban a BRCA1 és BRCA2 gének érintettek, elsősorban petefészekrák, emlőrák, valamint prosztatarák eseteiben. A gének mutációi esetében a poly(ADP)ribóz polimeráz inhibitor (PARPi) kezelés ígéretes terápiás lehetőség.
A BRCA1 és BRCA2 génen túl számos további gén vesz részt a DNS hibajavításban, pl: PALB2, ATM, ATR, FANCA, MLH1, MRE11A, NBN, RAD51C, CDK12. A gének funkcióvesztése megvalósulhat SNV/indel révén, de a háttérben CNV, vagy DNS-metiláció is állhat, így célzott panellel nem ismerhető fel a HRD valamennyi esetben.
Homológ rekombinációs defektus vizsgálata
A HRD, ezáltal a PARPi kezelés iránti fogékonyság vizsgálható a genetikai instabilitás mintázatának felismerése révén is. A genom átfogó vizsgálata SNV-k, a heterozigótaság elvesztése, valamint a telomerikus arányok eltolódása irányában megfelelően azonosíthatja a HRD mintázatát, amit HRD érték formájában lehet meghatározni. Magas HRD érték esetében a hibajavításért felelős gének konkrét eltérésének azonosítása nélkül is felismerhető a homológ rekombinációs defektus.
Petefészekrák eseteiben, meghatározott klinikai konstelláció esetén javasolt a HRD érték meghatározása, amennyiben BRCA1 vagy BRCA2 mutáció nem igazolódott.
Módszer
A vizsgálat AmoyDx® HRD Focus Panel (Amoy Diagnostics) felhasználásával történik.
Gének listája:
BRCA1, BRC2 gének és 24 000 SNP
Vizsgálat menete
Vizsgálat kiválasztása és megrendelése
Rendelés a megrendelés.ibio.hu oldalon keresztül szerződött partnereink számára. Ha még nem ügyfelünk, vegye fel a kapcsolatot velünk az elérhetőségeinken.
Minta küldése a laboratóriumba
A levett minta küldése a laboratóriumunkba. Szükség esetén ehhez mintavételi eszközöket biztosítunk. A beküldött minta minőségellenőrzése a laborba érkezés után, a vizsgálat elkezdése.
Laboratóriumi vizsgálat és bioinformatikai adatelemzés
Nukleinsav izolálása, mintaelőkészítés és szekvenálás újgenerációs szekvenáló platformokon. A szekvenálási adatok bioinformatikai elemzése és a variánsok azonosítása.
Klinikai interpretáció és eredményközlés
Azonosított variánsok kapcsolatának vizsgálata a betegség fenotípusával, klinikai jelentőségének feltárása, osztályozása nemzetközi irányelvek szerint. Multidiszciplináris csapat által véglegesített lelet átadása a beküldőnek.
A laboratórium által fogadott mintatípusok
- Szájnyálkahártya minta a cég által biztosított mintavevővel
- Legalább 1 ml teljes vér EDTA-s csőben
- Legalább 1500 ng izolált DNS minta (legalább 30 ng/ul minimum 50 ul térfogatban)
Mintavételi dobozt igény esetén biztosítunk, amely tartalmazza a mintavételhez szükséges eszközöket és a mintaküldéssel kapcsolatos információkat.
Átfutási idő: Mintaérkezéstől számított 1-3 héten belül.
